Ο Πρύτανης διεκδικεί αποζημίωση ενός εκατομμυρίου ευρώ από τα μέλη της Διοίκησης του ΕΚΠΑ κατηγορώντας τους ότι τον στοχοποίησαν συκοφαντώντας τον με ψεύδη. Ο κ. Πελεγρίνης δηλώνει ότι την αποζημίωση που θα εισπράξει για την ηθική βλάβη την οποία, όπως υποστηρίζει, υπέστη, θα τη διαθέσει για τις ανάγκες του πανεπιστημίου. Στην αγωγή του αναφέρει χαρακτηριστικά: «Πρoσέβαλαν βαρύτατα την προσωπική και επαγγελματική μου αξιοπρέπεια και εντιμότητα και την επάρκεια προς άσκηση των υπηρεσιακών μου καθηκόντων, και συνακόλουθα την προσωπικότητα μου, καθʼ όσov με εμφάνισαν ως Πρύτανη, που παρανομεί, σε τέτοιο μάλιστα βαθμό, ώστε να είναι απαραίτητη και η διερεύνηση των πράξεων μου από δημόσιες Αρχές».
Ο Πρύτανης βρίσκεται, τις τελευταίες εβδομάδες, στο επίκεντρο εισαγγελικής έρευνας η οποία διερευνά το ενδεχόμενο να έχει διαπράξει το αδίκημα της παράβασης καθήκοντος.